北京南站主体共有5层,依次为:高架候车厅、站台轨道层、换乘大厅、地铁4号线和地铁14号线站台。地上2层,地下3层,站台位于地面层。高架候车层在地上二层,中央为独立的候车室,四个角设有售票办公楼,东西两侧是进站大厅,自北向南依次为各候车区,可容纳1.05万人同时候车。车站共设置了84台窗口售票机和39台自动售票机。检票进站全部由自动验票系统控制。
出发大厅位于地面二楼,占地3.5万平米,东西两侧各有23个检票口,两两相对。比如东侧1号检票口正对着西侧1号检票口,两个检票口之间的距离约50米。
地下一层换乘大厅和高架候车大厅均设有人工和自助售票系统,其中,位于高架候车厅四个角,少蜜淋各有一个上下两层的售票办公楼,可进行人工售票,旁边的自动售票系统还设有专供站台票销售的机器。
车站增设务工人员、学生售票窗口。在高架层和地下换乘层设置务工人员、学生团体票窗口。
高架候车厅和地下一层换乘大厅均能候车,高架候车大厅中央为候车席,从南到北依次为京津城际、京沪高铁、普铁三大区域,总计5000个座位,整个大厅可容纳万余辨匪辩拔名旅客同时候车。而地下一层椭圆形换乘大厅,沿中轴线分开,西侧的南北两端设有人工售票窗口和自动售票机,中间部分则是商店,可供旅客候车时购物。
旅客可以从高架候车大厅相应检票通道下楼进入站台,也可以从地下换乘层快速进站通道上楼,进入相应站台乘车(由于施工原因,后一种进站方式尚未启用,出站方向如蓝线所示)。北京南站开启地下7个快速进站通道,实现车站所有始发车次全覆盖,将地下换乘层旅客最快进站时间缩短至10分钟。京沪快速进站区位于地下换乘层东通道3号到达口南侧,京津城际快速进站厅位于地下换乘层东通道7号到达口北侧。